ปี พ.ศ. 2519 กลุ่มผู้นำชุมชน ได้แก่ นายเข้ม วงษ์มณีฉาย, นายเฮง รอดคล้าย, นายแสวง บังเกิดผล และนายแสวง รอดเพ็งสังคหะ ได้ติดต่อประสานงานกับราชการ โดยมี พ.ต. เฉลิม สุภาพร นายอำเภอบางบ่อ เป็นผู้สนับสนุนหลัก นายเข้ม วงษ์มณีฉาย ได้บริจาคที่ดินจำนวน 5 ไร่ มูลค่า 100,000 บาท เพื่อใช้ในการจัดตั้งโรงเรียน ทางราชการจึงอนุมัติให้ก่อตั้งโรงเรียน และตั้งชื่อว่า "โรงเรียนเฉลิมมณีฉายวิทยาคาร" เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้บริจาค ปีเดียวกันนั้นได้รับงบประมาณสนับสนุน 400,000 บาท สร้างอาคารเรียนแบบ 017 จำนวน 4 ห้อง พร้อมบ้านพักครูและส้วม วันที่ 9 มกราคม 2520 นายสม กิมยงค์ ข้าราชการครูจากโรงเรียนวัดบางบ่อ ได้รับแต่งตั้งเป็นครูใหญ่คนแรกของโรงเรียน
พ.ศ. 2522 นายสม กิมยงค์ ย้ายไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดลาดหวาย และมีการแต่งตั้งนายนิพนธ์ ภูรัตน์ มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน ปี พ.ศ. 2523 จำนวนห้องเรียนไม่เพียงพอ จึงมีการต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่างอีก 4 ห้อง โดยได้รับงบประมาณ 150,000 บาท แล้วเสร็จในเดือนกุมภาพันธ์ 2524 ในช่วงเดียวกันนี้ โรงเรียนได้รับงบพัฒนาหลายรายการ เช่น บ้านพักครู โรงฝึกงาน ถังเก็บน้ำ และส้วมจากงบประมาณของรัฐ และได้รับเงินบริจาคจากชุมชนมาช่วยทาสีอาคารเรียนและพัฒนาโรงเรียน พ.ศ. 2528 นายสม กิมยงค์ กลับมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่อีกครั้ง และในปีเดียวกันได้รับงบพัฒนาชนบท 50,000 บาท ถมสนามขนาด 2 ไร่
วันที่ 1 มกราคม 2533 มีการจัดทอดผ้าป่าสามัคคี ได้เงิน 50,000 บาท สร้างที่ประดิษฐานพระพุทธรูปประจำโรงเรียน พ.ศ. 2536 นายสม กิมยงค์ เกษียณอายุราชการ นายวีรวัฒน์ วรฉัตร ได้รับแต่งตั้งเป็นครูใหญ่คนใหม่ และดำรงตำแหน่งถึงปี พ.ศ. 2542 ก่อนขอเกษียณอายุก่อนกำหนด จากนั้น นายเอกสิทธิ์ สืบกตัญญู ได้รับแต่งตั้งเป็นครูใหญ่ระดับ 7 เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม 2542 และปฏิบัติหน้าที่วันที่ 11 พฤศจิกายน 2542 จนถึงวันที่ 30 กันยายน 2543 ก่อนเกษียณอายุราชการ
พ.ศ. 2544 นายอิทธิชัย แก้วสมบูรณ์ ได้รับแต่งตั้งเป็นครูใหญ่ระดับ 6 และเลื่อนเป็นระดับ 7 ในปี 2545 ต่อมาปี 2549 ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนวัดเปร็งราษฎร์บำรุง พ.ศ. 2549 นายแมน มั่นคง ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดบางนางเพ็ง มารับตำแหน่งต่อ และอยู่ในตำแหน่งถึงปี พ.ศ. 2553 พ.ศ. 2553 นางสุพัตรา สาณศิลปิน ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนถึงวันที่ 30 กันยายน 2557 พ.ศ. 2559 นางสาวอราคิน สงเมือง รับตำแหน่งผู้อำนวยการ ต่อมา พ.ศ. 2563 นางสุประวีณ์ เวียงสุข ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียน และเริ่มปฏิบัติหน้าที่วันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2563 ในช่วงครึ่งหลังของปี 2565 หลังนางสุประวีณ์ พ้นจากตำแหน่งการบริหาร สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสมุทรปราการ เขต 2 ได้แต่งตั้งนางกัญญาลักษณ์ สิงห์เหลือง เป็นรักษาการผู้อำนวยการ ต่อมาวันที่ 15 พฤษภาคม 2566 แต่งตั้งนายพจน ทาหนองบัว มาดำรงตำแหน่งรักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน
ในปี พ.ศ. 2566 โรงเรียนเฉลิมมณีฉายวิทยาคารได้ก้าวเข้าสู่ยุคใหม่ภายใต้การนำของ นางสาวนลินรัตน์ อ้ายน้อย ซึ่งได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน โดยมีเป้าหมายสานต่อเจตนารมณ์ของผู้ก่อตั้งในการยกระดับคุณภาพการศึกษาของเยาวชนในชุมชนอย่างต่อเนื่อง